历任督、抚始则竭本省之饷,济金陵、皖南各军,图藉其力以为藩蔽;而于练兵选将,漫不经心。自金陵、皖南大局败坏,又复广收溃卒,縻以重饷,冀其复振;卒之兵增饷绌,军令不行,涣散决裂不可复支。臣奉命督办浙江军务,节制提镇。非就见存兵力严为挑汰,束以营制不可;非申明赏罚,予以实饷不可;非另行调募,预为换补不可。然欠饷日久,有不能汰遣之患;饷需不继,有不能调拨之患;经费不敷,有不能募补之患。名为节制提镇,实则营官、哨长亦且呼应不灵;不得其臂指之助,而徒受其迫促之扰。虽有能将,无饷何以驭兵?虽有谋臣,无兵何以制贼?应请敕部臣行令各省应协浙江之款、闽省及各省奉旨拨解援浙军饷,速解广信交臣后路粮台,以应急需。刻下浙省仅存衢州一城;衢州地势为江西、福建枢纽,浙省水路通途,宜设水师为陆军助』。又言:『孤军转战,将少兵单。局势益宽、人才日乏;请敕广西臬司蒋益澧率所部来浙助剿』。上皆从之。时,贼由严州府属之遂安踰岭入,蔓延徽、衢属境。贼目锺明佳等众十余万窥婺源,意在深入江、皖腹地,阻援浙之师,以围衢郡。宗棠以婺源居徽州、广信两郡之中,地势在所必争;饬道员王开来趋德、婺交界之白沙关,自率兵赴婺,击破之。
同治元年正月,诏促宗棠亲赴衢郡,进规浙省。宗棠覆陈『贼遇坚城,必取远势包围,待其自困而后陷之,历历不爽。办贼之法,必避长围、防后路,先为自固之计;然后可以制贼,而不为贼所制。臣若先入衢城,无论不能固江、皖边圉,亦且不能壮衢城声援;一堕逆贼长围诡谋,又成粮尽援绝之局。故决计由婺入浙,先剿开化之贼,以清徽郡后路;饬老湘营由白沙关进扼华埠要冲,保广信而固衢城。幸开化肃清、婺源无警,臣军驻开化马金街,正可兼顾衢城。浙事成败利钝,臣一身任之,无可诿卸』。二月,克遂安。奏言:『浙省大局披离,进兵之路最宜详审。从衢州入手,则坚城林立既阻其前,金、严踞贼复挠其后;孤军深入,饷道中梗,断无自全之理。由金华进攻,则严州之贼必由寿昌一带潜出包抄,亦非善策。臣军救浙,必依傍徽郡,取道严州较为稳妥』。谕曰:『左宗棠于开化肃清后,乘势进克遂安,甚得先发制人之策。所筹依傍徽郡、取道严州之策,自系实有见地。即着相机进取,勿蹈轻进之失』!时李世贤犯衢州,总兵李定太等婴城固守。宗棠抵常山,攻招贤关,克之;衢城粮路通。李世贤犯峡口,宗棠饬刘典等军会剿,破之石门花园港,毁贼垒七,贼退窜衢南石室街、莲花一带。杨辅清犯遂安,宗棠饬刘典各营由马金趋昏口,自率亲兵进驻开化,杨辅清遁。李世贤复犯衢城,宗棠回军。五月抵衢,六月督军由北路进剿,破莲花、洋塘等处数十垒,余贼悉遁。宗棠奏言:『浙江贼数虽多,皆听李逆一人指嗾。该逆倚金华为老巢,严、处为犄角;于龙游、寿昌、兰溪、汤溪等县分布贼党,拚死抗拒。见在贼势趋重金华,自应并力先将龙、寿、兰、汤等处次第攻剿,撤其藩篱;然后分兵严、处蹙之,以取破竹之势』。奏入,上嘉其随机决策,甚合机宜。是月,李世贤率贼数万,分两路攻遂安;败之。七月,进规龙游,破大股逆贼。闰八月,复寿昌。十一月,遣军援皖南,复祁门、绩溪;旋克严州府。
二年正月,复汤溪、龙游、兰溪,克金华府。旋复武义、永康、东阳、义乌、浦江、诸暨、桐庐,仍分军防皖南后路。二月,进攻富阳,以规杭州。三月,授闽浙总督,仍兼署浙江巡抚。遣军会剿徽、祁股匪,复黟县。四月,败富阳新城援贼,遣水军捣杭。八月,复富阳;饬蒋益澧致杭州,分军围余杭。
三年正月,复海宁、桐乡。二月,会苏军克嘉兴府,旋克杭州省城及余杭。捷闻,诏加太子少保衔,赏穿黄马褂。三月,宗棠进驻省城,设赈抚局收养难民,招商开市,勘办急应修浚工程。旋复武康、德清、石门。六月,复孝丰。七月,克湖州府。八月,全浙肃清。宗棠遣军出境,追剿江、皖窜贼。九月,谕旨:『左宗棠自入浙以来,克复城隘、郡县数十处,肃清全浙,厥功甚伟。本欲即加懋赏,恐该督以洪幼逆未灭,必将固辞;一俟余逆净尽,即降恩旨。浙江军务已竣,地方应办善后事宜,该督当督饬司道次第办理』。宗棠奏减杭、嘉、湖三府额赋漕粮三分之一,核减绍兴、宁波两府浮收钱漕,免被兵各郡县同治二年漕粮,暂停设杭州北新关;以商盐疲滞请试行票运。条上四,皆如所请行。十月,谕曰:『闽浙总督兼署浙江巡抚左宗棠督师入浙,恢复浙东各郡,进规浙西,攻克杭州省城及湖州各州县,肃清全浙;并派兵截剿皖南窜贼,荡平巨寇,卓著勋猷。兹当洪福瑱幼逆就擒,歼除余孽,东南军务渐次底定,自应渥加懋赏。左宗棠着加恩锡封伯爵』。宗棠恳辞;谕曰:『前因左宗棠督师恢复浙东郡县、规复浙西并攻克杭州省城,肃清全浙;派兵援剿皖南、江西,扫除余孽,特沛殊恩,将左宗棠锡封一等伯爵,以示优异。兹据左宗棠奏:「沥陈下悃,恳请收回成命,并推功于诸将士」各等语;所奏意存退让,具见悃诚。惟朝廷懋功懋赏,原以该督抵浙以后,削平巨寇,屡克名城,肃清浙江全境,厥功甚伟;岂能无破格恩