翼率黔勇追贼逼界口。四年,总督吴文镕师溃黄州,汉阳复陷。曾国籓水师成,进援湖北,前敌失利,岳州复陷。贼犯靖港及樟树港,距长沙数十里,并陷宁乡、湘潭。秉章调抚标兵益塔齐布军,令偕杨岳斌、彭玉麟同援湘潭。国籓亲率水师战靖港,复失利。布政使徐有壬、按察使陶恩培请奏劾罢其军。秉章曰:“曾公谋国之忠,不可以一时胜败论也。”会次日塔齐布等大破贼於湘潭,复其城,靖港贼亦遁走,长沙获安。贼绕西湖陷华容、龙阳、常德,令胡林翼专剿此路。塔齐布、罗泽南进规岳州、崇阳、通城,未几,各城皆复,而武昌再陷。国籓整军东征,饷械悉力资之无缺,十月,遂克武昌。湘军之名自此显。
五年,武昌三陷,胡林翼署巡抚,飞书告急。秉章令鲍超率水师先赴,彭玉麟募勇继之。起杨岳斌於家,统其众以固北路,而南路广东、广西群贼扰境,土匪纷起应之。令田兴恕御东路,王珍剿南路,先清土匪,克东安,斩广西贼首胡有禄。馀贼复扰永明、江华,击走之。克桂阳、永兴、茶陵、郴州、宜章,毙广东贼首何禄,南路遂定。贵州苗犯晃州、沅州、麻阳,并击走之。当武昌陷后,总督杨霈奏饬胡林翼渡江上扼汉川,以固荆襄。秉章上疏争之,略曰:“杨霈始终坚执防贼北窜,然以现在形势论之,江西、湖南尚称完地。若使湖北水陆两军移驻汉川,长江千里,尽委之贼,其将置东南於不问乎?未解者一也。移驻汉川,祗能御上窜襄阳之路,其於荆州并无轻重。若贼水陆并进,荆州门户,其孰当之?未解者二也。水陆两军相为依附,胡林翼既驻汉川,则水军非退守监利,即移泊岳州,为湖南门户计,尚未为失。然武汉门户岂能度外置之乎?未解者三也。若谓贼众兵单,不思广济失利之初,以总督万馀之兵,不能当千馀之贼,乃退守黄州,未一日即退汉川,由此而德安,而随州,今又退至枣阳。北窜者贼也,引之北窜者谁欤?未解者四也。扼贼北窜,必固荆襄,欲保荆襄,必守武汉,此一定之局。汉阳未复,不能绕至汉川,况武汉均为贼屯,胡林翼纵至汉川,以孤军驻四面皆贼之地,又能为荆襄门户计乎?未解者五也。”霈之专防北窜,原出迎合上意。疏入,诏斥所诋霈者过当。然上意开悟,未久罢霈,以官文代之,与胡林翼合规武汉。秉章悉力资给林翼军,如所以助曾国籓者。洎林翼与罗泽南破石达开於咸宁,达开折入江西,连陷瑞州、临江,而吉安、抚州、建昌属城多被扰。
国籓自上年九江之挫,久留南昌,孤军难进展。秉章至是锐意东援,令江忠济出通城以固岳州,令刘长佑、萧启江率军分路入江西。六年,刘长佑等连克萍乡、万载,进攻袁州。江忠济战殁通城,以王珍代之,连克通城、崇阳、蒲圻、通山诸县。至冬,长佑克袁州、分宜、新喻,赵焕联自茶陵收永宁,余星元自酃县收永新、莲花。初议规江西分三路,北路出瑞州,中路出袁州,南路出吉安。刘长佑袁州一路兵逾九千,饷难再筹。至是始令周凤山、曾国荃各募勇二千,合趋吉安。诏嘉秉章不分畛域,越境殄寇,赐花翎。
七年,武汉既复,下游无警,湘军乃四出。以蒋益澧率永州军援广西,以王珍军增援江西,以兆琛等军援贵州,需饷益钜。湖南自军兴停漕运,米贱,而徵折犹沿旧价,民困赋绌。秉章减浮折,覈中饱,民减纳而赋增。仿扬州例,抽收盐货釐金,岁入百数十万,给军无缺。王珍战江西,屡破悍寇,克乐安,寻卒於军,以张运兰及珍弟开化分统其众。刘长佑攻临江,至十二月克之。八年,京察叙功,加头品顶戴。刘长佑以疾归,以刘坤一代领其军。进规抚州、建昌,先后克复。八月,诸军齐集,克吉安。石达开败窜浙江,江西略定。秉章以兵合不易,应乘胜进取。疏请起曾国籓督师援浙,留萧启江、张运兰两军随征,馀军尽撤。盖自五年援江西,糜湖南饷凡二百六十万,协济之数不预焉。
石达开由浙入闽、粤,徘徊五岭之上。九年春,复由江西入湖南。秉章调魏喻义、陈士杰扼岿河,起刘长佑於家,令与刘坤一募勇四万备迎击。调萧启江、张运兰於江西,调田兴恕於贵州,未集而贼至,陷桂阳、宜章、兴宁,窥衡州,为岿河之军所扼,回窜嘉禾、新田、临武、宁远。达开大队窜永兴,以据上游。刘长佑出祁阳,与之相持。回犯东安、新宁,刘坤一再挫之,乃趋宝庆,众号三十万,多乌合。秉章下免死令,散数万人。时赵焕联、田兴恕等军先至,营城外。贼营环二百里,包诸军於中。胡林翼遣李续宜率军赴援,秉章令刘长佑、刘岳昭、何绍彩分三路进。六月,战宝庆城下,内外夹击。贼人众乏食,再战再败,遂东窜。萧启江军遇於永州,又击败之。乃由全州窜广西,启江尾追,刘长佑继进,败之於大榕口,又败之桂林,贼窜庆远。秉章令长佑留镇广西,田兴恕回贵州,萧启江出沅江,兼顾川、黔。时广东贼又扰边境,令张运兰、黄淳熙分击於江华、宜章,并歼之。
十年,命赴四川督办军务。时左宗棠已奉命募勇援浙,聘湘乡刘蓉赞军事。湘军名将多从曾国籓、胡林翼,惟刘岳昭、黄淳熙在湖南。调两军随行,受代将发,石达开复由广东犯湖南境,吏民乞留。遣岳昭、淳熙会剿,贼寻引去。