承畴出御,追获谊泐及所置经略韦尔韬、总兵杨三贯、夏含章。十二月,天禄搜婺源严杭山,获常淇及所置监军道江于东、职方司许文玠等。四年二月,从善及总兵黄鼎攻宿松,获谊泐弟瑞昌王谊贵及所置军师赵正;下饶州,获由揾及其族人常洊、常沘、常涫:并请命斩之。江南众郡县以次定。
明鲁王以海转徙浙、闽海中,号监国,明诸遗臣犹密与相闻。是年四月,明给事中陈子龙家华亭,阴受鲁王官,谋集太湖溃兵举事。承畴遣章京索布图往捕,子龙投水死。是月,柘林游击陈可获谍者谢尧文,得鲁王敕封承畴国公,江宁巡抚土国宝为侯;又得鲁王将黄斌卿与承畴、国宝书;镇守江宁昂邦章京巴山、张大猷以闻。上奖巴山等严察乱萌,命与承畴会鞫谍者,别敕慰谕承畴。
粤僧函可者,为故明尚书韩日缵子,日缵於承畴为师生。函可将还里,乞承畴畀以印牌护行出城,守者讥察笥中,得文字触忌讳。巴山、张大猷以闻,承畴疏引咎,部议当夺职,上命贳之。
承畴闻父丧,请解任守制,上许承畴请急归,命治丧毕入内院治事。五年四月,还京师。六年,加少傅兼太子太傅,疏请定会推督、抚、提、镇行保举连坐法。得旨:“自后用督、抚、提、镇,内院九卿咸举所知。得人者赏,误举者连坐。”
八年闰二月,命管都察院左都御史。寻甄别诸御史为六等,魏琯等二十二人差用,陈昌言等二人内升,张煊等十一人外转,王世功等十七人外调,降黜有差。煊疏劾吏部尚书陈名夏,因及承畴尝与名夏及尚书陈之遴集火神庙,屏左右密议逃叛;承畴又尝私送其母归里。疏入,上方狩塞外,巽亲王满达海居守,集诸王大臣会鞫。承畴言:“火神庙集议,即议甄别诸御史定等差,非有他也。”并以送母未请旨引罪。名夏亦列辨,因坐煊诬奏,论死。未几,上雪煊冤,黜名夏。因谕:“承畴火神庙集议,事虽可疑,难以悬拟;送母归原籍未奏闻,为亲甘罪,情尚可原。留任责后效。”九年五月,承畴闻母丧,命入直如故,私居持服,赐其母祭葬。九月,达赖喇嘛来朝,上将幸代噶,待喇嘛至入觐。承畴及大学士陈之遴疏谏,上为罢行,并遣内大臣索尼传谕曰:“卿等以贤能赞密勿,有所见闻,当以时入告。朕生长深宫,无自洞悉民隐。凡有所奏,可行即行;纵不可行,朕亦不尔责也。”
十月正月,调内翰林弘文院大学士。明桂王由榔称号肇庆,频年转战,兵朁地蹙,至是居安隆所,云南、贵州二省尚为明守。诸将李定国、孙可望等四出侵略,南攻湖南南境诸州县,东陷桂林,西据成都,兵连不得息。五月,上授承畴太保兼太子太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史,经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方,总督军务兼理粮饷。敕谕抚镇以下咸听节制,攻守便宜行事。满兵当留当撤,即行具奏。命内院以特假便宜条款详列敕书,宣示中外;并允承畴疏荐,起原任大学士李率泰督两广。以江西寇未尽,命承畴兼领,铸“经略大学士”印授之。临发,赐蟒朝衣、冠带、鞾衤蔑、松石嵌撒袋、弓矢、马五、鞍辔二,诸将李本深等八十七人朝衣、冠带、撒袋、弓矢、刀马、鞍辔有差。
承畴至军,疏言:“湖南驻重兵足备防剿,而各郡窎远,兵力所不及。郝摇旗、一只虎等窃伏湖北荆、襄诸郡,倘南窥澧、岳,则我军腹背受敌。臣与督臣、议臣宜往来长沙四应调度。督臣率提标兵驻荆州,别遣兵增武昌城守,以壮声援。”又疏言:“桂林虽复,李定国军距桂林仅二百里,满洲援剿官兵岂能定留?克复州县,何以分守?又使孙可望诇我兵出援,潜自靖、沅截粤西险道,则我首尾难顾。置孤军於徼外,其危易见。臣已分兵驰赴,俾佐战守,且当亲历衡、永,察机宜以闻。”十二月,上授固山额真陈泰为宁南靖寇大将军,及固山额真蓝拜、济席哈,摆牙喇纛章京苏克萨哈等率师镇湖南;十一年二月,命靖南王耿继茂率所部自广州移镇桂林:皆承畴疏发之也。
是岁孙可望劫桂王,杀大学士吴贞毓等,方内讧。十二年六月,可望遣刘文秀攻常德,分兵使卢明臣、冯双礼攻武昌、岳州。承畴、陈泰遣苏克萨哈迎击,破之。明臣堕水死。文秀、双礼皆走贵州。陈泰旋卒於军,以固山额真阿尔津为宁南靖寇大将军,率固山额真卓罗、祖泽润等分驻荆州、长沙。十三年,考满,加太傅,仍兼太子太师。李定国奉明桂王入云南,湖广无兵事。阿尔津议以重兵驻辰州,谋自沅、靖入滇、黔,承畴与异议。上召阿尔津还京师,以宗室罗讬代。十四年,可望叛其主,举兵攻云南,与定国战而败;十一月,诣长沙降。时上已允承畴解任还京师养疴,至是命承畴留任,督所部与罗讬等规取贵州,并命平西大将军吴三桂自四川、征南将军卓布泰自广西分道入。
十五年正月,复命信郡王多尼为安远靖寇大将军,帅师南征,於是承畴与罗讬会师常德,道沅州、靖州入贵州境,克镇远。卓布泰招南丹、那地、抚宁诸土司,下独山州,会克贵阳。三桂亦自重庆取遵义进攻开州、桐梓,以其师来会。承畴上疏筹军食,言:“贵州诸府、州、县、卫、所仅留空城,即有馀粮,兵过辄罄。惟省仓存米