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，不许，即谒告归，丐祠，章十二上。三年，迁著作佐郎兼兵部郎官，以疾辞。差知安吉州，辞。召赴行在奏事，辞益坚。
淳祐元年，差知南剑州。会峡阳寇作，擒渠魁八人斩之。余释不问。父老或相语曰：「侯不来，我辈鱼肉矣。」郡有延平书院，率郡博士会诸生亲为讲说。民讼，率呼至以理化诲，多感悦而去。输苗听其自概，阖郡德之。丁母忧去官，众遮道跪留。既免丧，授侍左郎官。言敌国外患，乞以宗社为心。言钱塘驻跸，骄奢莫尚，宜抑文尚质。兼崇政殿说书，每入讲，必先期斋戒。尝进仁宗诏内降指挥许执奏及台谏察举故事为戒，语多切宫壶。拜将作监，进杨雄《大匠箴》，陈古节俭。时天久不雨，转对，极论《洪范》天人感应之理及古今遇灾修省之实，辞益忠恳。
丞相史嵩之丁父忧，有诏起复，中外莫敢言，惟学校叩阍力争。元杰时适轮对，言：「臣前日晋侍经筵，亲承圣问以大臣史嵩之起复，臣奏陛下出命太轻，人言不可沮抑。陛下自尽陛下之礼，大臣自尽大臣之礼，玉音赐俞，臣又何所容喙。今观学校之书，使人感叹。且大臣读圣贤之书，畏天命，畏人言。家庭之变，哀戚终事，礼制有常。臣窃料其何至于忽送死之大事，轻出以犯清议哉！前日昕庭出命之易，士论所以凛凛者，实以陛下为四海纲常之主，大臣身任道揆，扶翊纲常者也。自闻大臣有起复之命，虽未知其避就若何，凡有父母之心者莫不失声涕零，是果何为而然？人心天理，谁实无之，兴言及此，非可使闻于邻国也。陛下乌得而不悔悟，大臣乌得而不坚忍？臣恳恳纳忠，何敢诋讦，特为陛下爱惜民彝，为大臣爱惜名节而已。」疏出，朝野传诵，帝亦察其忠亮，每从容访天下事，以筵益申前议。未几，夜降御笔黜四不才台谏，起复之命遂寝。
元老旧德次第收召，元杰亦兼右司郎官，拜太常少卿，兼给事中、国子祭酒，权中书舍人。杜范入相，复延议军国事。为书无虑数十，所言皆朝廷大政，边鄙远虑。每裁书至宗社隐忧处，辄阁笔挥涕，书就随削稿，虽子弟无有知者。六月朔，轮当侍立，以暴疾谒告。特拜工部侍郎，随乞纳，诏转一官致仕。夜四鼓。遂卒。
先，元杰未死之一日，方谒左丞相范钟归，又折简察院刘应起，将以冀日奏事。是夕，俄热大作，诘朝不能造朝，夜烦愈甚，指爪忽裂，以死。朝绅及三学诸生往吊，相顾骇泣。讣闻，帝震悼曰：「徐元杰前日方侍立，不闻有疾，何死之遽耶？」亟遣中使问状，赙赠银绢二百计。已而太学诸生伏阙诉其为中毒，且曰：「昔小人有倾君子者，不过使之自死于蛮烟瘴雨之乡，今蛮烟瘴雨不在领海，而在陛下之朝廷。望奋发睿断，大明典刑。」于是三学诸生相继叩阍讼冤，台谏交疏论奏，监学官亦合辞闻于朝。二子直谅、直方乞以恤典充赏格。有旨付临安府逮医者孙志宁及常所给使鞫治。既又改理寺，诏殿中侍御史郑采董之，且募告者赏缗钱十万、官初品。大理寺正黄涛谓伏暑证，二子乞斩涛谢先臣。然狱迄无成，海内人士伤之，帝悼念不已，赐官田五百亩、缗钱五千给其家。赐谥忠愍。
孙子秀，字元实，越州余姚人。绍定五年进士。调吴县主簿。有妖人称「水仙太保」，郡守王遂将使治之，莫敢行，子秀奋然请往，焚其庐，碎其像，沈其人于太湖，曰：「实汝水仙之名矣。」妖遂绝。日诣学宫与诸生讨论义理。辟淮东总领所中酒库，檄督宜兴县围田租。既还，白水灾，总领恚曰：「军饷所关，而敢若此，独不为身计乎？」子秀曰：「何敢为身计，宁罪去尔。」力争之，遂免。
调滁州教授，至官，改知金坛县。严保伍，厘经界，结义役，一切与民休息。讼者使赍牒自诣里正，并邻证来然后行，不实者往往自匿其牒，惟豪黠者有犯，则痛绳不少货。淮民流入以万计，振给抚恤，树庐舍，括田使耕，拔其能者分治之。崇学校，明教化，行乡饮酒礼。访国初茅山书院故址，新之，以待远方游学之士。
通判庆元府，主管浙东盐事。先是，诸场盐百袋附五袋，名「五厘盐」，未几，提举官以为正数，民困甚，子秀奏蠲之。辟干办行在诸司粮料院。衢州冠作，水冒城郭，朝廷择守，属子秀行。子秀谓捕贼之责，虽在有司，亦必习土俗之人，乃能翦其凭依，裁其奔突。乃立保伍，选用土豪，首旌常山县令陈谦亨、寓士周还淳等捍御之劳，且表于朝，乞加优赏，人心由是竞劝。未几，盗复起江山、玉山间，甫七日，而众禽四十八人以来。终子秀之任，贼不复动，水潦所及，则为治桥梁，修堰闸，补城壁，浚水原，助葺民庐，振以钱米，招通邻籴。奏蠲秋苗万五千石有奇，尽代纳其夏税，并除公私一切之负；坍溪沙壅之田，请于朝，永蠲其税，民用复苏。
南渡后，孔子裔孙寓衢州，诏权以衢学奉祀，因循逾年，无专飨之庙。子秀撤废佛寺，奏立家庙如阙里。既成，行释菜礼。以政最迁太常丞，以言罢。未几，迁大宗正丞，迁金部郎官。金部旧责州郡以必不可辨之泛数，吏颠倒为奸欺。子秀日夜讨论，给册转递以均其输，人人如债切身，不遣一字而输足。迁将作监、淮东总领，辞。改知宁国府，辞。为左司兼右司，再兼金部。与丞相丁大全议不合，去国。差知吉州，寻镌罢。